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# Molecule

<Card title="View the source code" href="https://www.github.com/wandb/wandb/tree/637bddf198525810add5804059001b1b319d6ad1/wandb/sdk/data_types/molecule.py#L25-L241" icon="github" />

Wandb クラスは 3D 分子データ用です。

```python theme={null}
Molecule(
    data_or_path: Union[str, 'TextIO'],
    caption: Optional[str] = None,
    **kwargs
) -> None
```

| Args           | Description                                         |
| :------------- | :-------------------------------------------------- |
| `data_or_path` | (string, io) Molecule はファイル名または io オブジェクトから初期化できます。 |
| `caption`      | (string) 表示用の分子に関連付けられたキャプション。                      |

## メソッド

### `from_rdkit`

[ソースを表示](https://www.github.com/wandb/wandb/tree/637bddf198525810add5804059001b1b319d6ad1/wandb/sdk/data_types/molecule.py#L99-L163)

```python theme={null}
@classmethod
from_rdkit(
    data_or_path: "RDKitDataType",
    caption: Optional[str] = None,
    convert_to_3d_and_optimize: bool = (True),
    mmff_optimize_molecule_max_iterations: int = 200
) -> "Molecule"
```

RDKit がサポートするファイル/オブジェクトタイプを wandb.Molecule に変換します。

| Args                                    | Description                                                                               |
| :-------------------------------------- | :---------------------------------------------------------------------------------------- |
| `data_or_path`                          | (string, rdkit.Chem.rdchem.Mol) Molecule はファイル名または rdkit.Chem.rdchem.Mol オブジェクトから初期化できます。 |
| `caption`                               | (string) 表示用の分子に関連付けられたキャプション。                                                            |
| `convert_to_3d_and_optimize`            | (bool) 3D 座標を持つ rdkit.Chem.rdchem.Mol に変換します。これは複雑な分子の場合、時間がかかるため、高価な操作です。                |
| `mmff_optimize_molecule_max_iterations` | (int) rdkit.Chem.AllChem.MMFFOptimizeMolecule で使用する反復回数                                   |

### `from_smiles`

[ソースを表示](https://www.github.com/wandb/wandb/tree/637bddf198525810add5804059001b1b319d6ad1/wandb/sdk/data_types/molecule.py#L165-L202)

```python theme={null}
@classmethod
from_smiles(
    data: str,
    caption: Optional[str] = None,
    sanitize: bool = (True),
    convert_to_3d_and_optimize: bool = (True),
    mmff_optimize_molecule_max_iterations: int = 200
) -> "Molecule"
```

SMILES 文字列を wandb.Molecule に変換します。

| Args                                    | Description                                                           |
| :-------------------------------------- | :-------------------------------------------------------------------- |
| `data`                                  | (string) SMILES 文字列。                                                  |
| `caption`                               | (string) 表示用の分子に関連付けられたキャプション                                         |
| `sanitize`                              | (bool) RDKit の定義により、分子が化学的に妥当かどうかをチェックします。                            |
| `convert_to_3d_and_optimize`            | (bool) 3D 座標で rdkit.Chem.rdchem.Mol に変換します。複雑な分子の場合、時間がかかるため、高価な操作です。 |
| `mmff_optimize_molecule_max_iterations` | (int) rdkit.Chem.AllChem.MMFFOptimizeMolecule で使用する反復回数               |

| クラス変数                                                   | Description |
| :------------------------------------------------------ | :---------- |
| `SUPPORTED_RDKIT_TYPES`<a id="SUPPORTED_RDKIT_TYPES" /> |             |
| `SUPPORTED_TYPES`<a id="SUPPORTED_TYPES" />             |             |